DNA提取:
1. 從純化的培養物篩取孢子,挑出有活力的孢子,用滅菌的蒸餾水洗淨;
2. 将3-20個孢子用移液器轉移到1.5 mL的滅菌離心管底部,使水盡量少,将裝有孢子的離心管置于冰上;
3. 将水浴鍋開到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解凍後置于冰上;
4. 用槍頭将孢子搗碎,使其内容物釋放出來。該過程也要在體視鏡下進行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)釋放出來。因為孢子周圍液體很少,因此不會有太多滑動。
5. 将槍頭在離心管底部的壁上邊刮邊拿出來,使得孢子不會被帶出來;
6. 一旦孢子破碎,立即向離心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;
7. 水浴4 min之後,立即将離心管置于冰上,這個時候DNA可被用于PCR擴增或者保存于-20℃。
參考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(裡面有一些圖片)
PCR擴增與克隆測序:
引物使用:
| 引物集 | 引物名稱 | 序列 |
| SSUmAf | SSUmAf1 | TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA |
| SSUmAf2 | TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA | |
| SSUmCf | SSUmCf1 | TCGCTCTTCAACGAGGAATC |
| SSUmCf2 | TATTGTTCTTCAACGAGGAATC | |
| SSUmCf3 | TATTGCTCTTNAACGAGGAATC | |
| LSUmAr | LSUmAr1 | GCTCACACTCAAATCTATCAAA |
| LSUmAr2 | GCTCTAACTCAATTCTATCGAT | |
| LSUmAr3 | TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA | |
| LSUmAr4 | GCTCTTACTCAAACCTATCGA | |
| LSUmBr | LSUmBr1 | DAACACTCGCATATATGTTAGA |
| LSUmBr2 | AACACTCGCACACATGTTAGA | |
| LSUmBr3 | AACACTCGCATACATGTTAGA | |
| LSUmBr4 | AAACACTCGCACATATGTTAGA | |
| LSUmBr5 | AACACTCGCATATATGCTAGA |
| 第一次PCR | SSUmAf/LSUmAr | 1800bp |
| 第二次PCR | SSUmCf/LSUmBr | 1500bp |
測序結果通過Blast比對。
PCR條件參考文獻: