華東地區AMF菌種保藏與研發中心
East China AMF Strain Collection and R&D Center

分子生物學鑒定方法

DNA提取:

1. 從純化的培養物篩取孢子,挑出有活力的孢子,用滅菌的蒸餾水洗淨;

2. 将3-20個孢子用移液器轉移到1.5 mL的滅菌離心管底部,使水盡量少,将裝有孢子的離心管置于冰上;

3. 将水浴鍋開到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解凍後置于冰上;

4. 用槍頭将孢子搗碎,使其内容物釋放出來。該過程也要在體視鏡下進行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)釋放出來。因為孢子周圍液體很少,因此不會有太多滑動。

5. 将槍頭在離心管底部的壁上邊刮邊拿出來,使得孢子不會被帶出來;

6. 一旦孢子破碎,立即向離心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;

7. 水浴4 min之後,立即将離心管置于冰上,這個時候DNA可被用于PCR擴增或者保存于-20℃。

參考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(裡面有一些圖片)

PCR擴增與克隆測序:

引物使用:

引物集 引物名稱 序列
SSUmAf SSUmAf1 TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA
SSUmAf2 TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA
SSUmCf SSUmCf1 TCGCTCTTCAACGAGGAATC
SSUmCf2 TATTGTTCTTCAACGAGGAATC
SSUmCf3 TATTGCTCTTNAACGAGGAATC
LSUmAr LSUmAr1 GCTCACACTCAAATCTATCAAA
LSUmAr2 GCTCTAACTCAATTCTATCGAT
LSUmAr3 TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA
LSUmAr4 GCTCTTACTCAAACCTATCGA
LSUmBr LSUmBr1 DAACACTCGCATATATGTTAGA
LSUmBr2 AACACTCGCACACATGTTAGA
LSUmBr3 AACACTCGCATACATGTTAGA
LSUmBr4 AAACACTCGCACATATGTTAGA
LSUmBr5 AACACTCGCATATATGCTAGA

第一次PCR SSUmAf/LSUmAr 1800bp
第二次PCR SSUmCf/LSUmBr 1500bp


測序結果通過Blast比對。

PCR條件參考文獻:



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