不同物種條件不同，需要優化，下面以瀕危植物夏蠟梅為例。
根據Phillips和Hayman（1970）提出的台盼藍（曲利苯藍）的染色方法來測定夏蠟梅菌根侵染率，主要包括透明、漂白、酸化、染色和脫色等步驟。
1、 根樣采集
從植物根部選擇顔色相對較淺，最細一級的根（多條根相加總長不少于40 cm）放入FAA固定液固定24 h以上備用，或冷凍保存備用。
注：根樣的采集應具有代表性，如果是從多個植物根系收集，應分别每株取樣後再進行混合取樣；如果是單株植物，應分别從不同部位取樣後再混合取樣，如果取樣後直接做實驗的話可以不用固定。取根系時為了減少對根外菌絲的破壞，動作盡量輕柔，根系允許帶一些泥土。
2、 透明
将根從FAA固定液中取出，蒸餾水浸洗數次後剪成1cm長根段，放入50ml離心管中，加入20%的KOH溶液、擰好蓋子放入裝有水的燒杯（500 ml或250 ml），将燒杯置于90 ℃水浴鍋水浴3 h。
注：其目的在于除去根部皮層細胞中的細胞質，便于以後染色處理時染料的盡快滲透。
3、 清洗
将離心管取出，倒去KOH，用清水輕輕漂洗根樣數次，但勿用力攪動，以防根樣表面的根外菌絲脫落，當水不再呈黃色時即可。
4、 漂白
向裝有清洗好的根的離心管中加入堿性H2O2浸泡，在室溫條件下放置1 h（人工種植的根系40min），當根系的顔色由棕色變白即可。
5、 再清洗
輕輕倒去離心管中的堿性H2O2溶液，用清水漂洗幾次。
6、 酸化
向裝有清洗好的根的離心管中加入2%的HCl，室溫酸化4 min。
注：酸化時間過長根會變爛。
7、 染色
輕輕倒出HCl，加入0.05%的台盼藍乳酚染液，再放回水浴鍋90 ℃水浴30 min。
注：回收染色液可重複再利用，但是效果有待進一步确認。
8、 脫色
取出上述已染色的根段，蒸餾水換洗數次後，用乳酚試劑脫色，常溫脫色2 h - 3 h直到根樣中多餘的染料大部分被清除為止。
9、 制片
将根段置于塗有封固劑的載玻片上進行制片，一張載破片上可放2～3條根，蓋上潔淨的蓋玻片，加壓使根破碎，并除去其中氣泡。記錄玻片編号及制片時間。
10、觀察
觀察制作好的載玻片于200倍生物顯微鏡下觀察菌根侵染情況。
藥品配制：
1、 FAA固定液配制（可多配一點）
50% 酒精90 ml、冰醋酸5 ml、37%甲醛5 ml、加入5 ml甘油防止揮發
2、 20% KOH溶液配制（可多配一點）
20 g溶于100ml蒸餾水中
3、 堿性H2O2
2ml 30%的H2O2 + 0.3 ml氨水，加水至55ml
注：随配随用，不能放置過久
4、 2% HCl溶液配制（可多配一點）
10 ml 分析純鹽酸（36%）加入175ml蒸餾水中
5、 乳酚試劑：
苯酚：乳酸：甘油：蒸餾水=1:1:2:1(v/v)
6、 0.05% 台盼藍乳酚染液
0.5 g台盼藍加入1000 ml乳酚試劑中
7、 浮載劑（PVLG）
聚乙烯醇1.66 g + 甘油1 ml + 乳酸10 ml + 蒸餾水10 ml
注：聚乙烯醇很難溶解，可以将溶液置于90 ℃水浴鍋水浴溶解。
酸性酒精：5%醋酸 90%酒精 5%雙氧水（脫色可選擇用酸性酒精）