準備需要的采樣工具 (一次性無菌PE手套、小鐵鍬、消毒濕紙巾、剪刀和枝剪、塑料自封袋、标簽紙、鉛筆、記号筆、布袋、照相機、采樣記錄本、GPS等)，根據采樣目的選擇調查地點、樣點和長勢良好的寄主植物，記錄調查地點的行政區劃名稱、地理坐标、地形、植被、土壤類型、土壤質地、寄主植物名稱及生長狀況等，并對生境拍照。
去除地表枯枝落葉、大塊砂石和其他雜物，用小鐵鍬 (消毒濕紙巾擦拭幹淨) 沿寄主植物周圍垂直向下挖取根系和根區土壤。對于矮小草本植物，盡量将整株植物及其根系挖出（通常挖取長20 cm × 寬20 cm × 高 20 cm的根區土壤）；對于灌木或高大木本植物，首先需要尋找該植物新生根系分布的區域，根據新生根系分布狀況确定采挖位置和深度，通常在直徑小于1-2 mm的細根分布密集區域挖取根系和根區土壤。
剪掉植株地上部分，連根帶土大約2 kg放入兩層塑料自封袋中 (可根據需要調整樣品量)，如需長途運輸，第二層為布袋，在兩層袋之間放入寫有采樣編号的标簽，封口後帶回實驗室備用。
樣品帶回實驗室後，在幹淨的紙 (新複印紙) 上将野外采集樣品中的根剪碎成約1 cm的小段與袋内土壤混勻後，分成兩部分：一部分風幹保存用于土壤理化性質的測定、孢子密度計數等；另一部分立即進行誘導培養，或4 °C冰箱保存盡快進行誘導培養。
參考文獻：
1. 王幼珊，張淑彬，張美慶. 中國叢枝菌根真菌資源與種質資源. 中國農業出版社. 2012.
2. 王幼珊，王曉燕，孫昊，張淑彬，邢禮軍. 叢枝菌根真菌菌種資源收集、培養與保藏方法. Bio-101 e2104422. 2022, Doi: 10.21769/BioProtoc.2104422.