分子生物學鑒定方法
      
        菌種來源: 
        作者:
        發布時間:2025-09-19
      
    
    
    
DNA提取:
1. 從純化的培養物篩取孢子,挑出有活力的孢子,用滅菌的蒸餾水洗淨;
2. 将3-20個孢子用移液器轉移到1.5 mL的滅菌離心管底部,使水盡量少,将裝有孢子的離心管置于冰上;
3. 将水浴鍋開到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解凍後置于冰上;
4. 用槍頭将孢子搗碎,使其内容物釋放出來。該過程也要在體視鏡下進行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)釋放出來。因為孢子周圍液體很少,因此不會有太多滑動。
5. 将槍頭在離心管底部的壁上邊刮邊拿出來,使得孢子不會被帶出來;
6. 一旦孢子破碎,立即向離心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;
7. 水浴4 min之後,立即将離心管置于冰上,這個時候DNA可被用于PCR擴增或者保存于-20℃。
參考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(裡面有一些圖片)
PCR擴增與克隆測序:
引物使用:
 
  
  
 
 
  
   | 引物集 | 引物名稱 | 序列 | 
  
   | SSUmAf | SSUmAf1 | TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA | 
  
   | SSUmAf2 | TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA | 
  
   | SSUmCf | SSUmCf1 | TCGCTCTTCAACGAGGAATC | 
  
   | SSUmCf2 | TATTGTTCTTCAACGAGGAATC | 
  
   | SSUmCf3 | TATTGCTCTTNAACGAGGAATC | 
  
   | LSUmAr | LSUmAr1 | GCTCACACTCAAATCTATCAAA | 
  
   | LSUmAr2 | GCTCTAACTCAATTCTATCGAT | 
  
   | LSUmAr3 | TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA | 
  
   | LSUmAr4 | GCTCTTACTCAAACCTATCGA | 
  
   | LSUmBr | LSUmBr1 | DAACACTCGCATATATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr2 | AACACTCGCACACATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr3 | AACACTCGCATACATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr4 | AAACACTCGCACATATGTTAGA | 
  
   | LSUmBr5 | AACACTCGCATATATGCTAGA | 
 
 
  
  
  
 
 
  
   | 第一次PCR | SSUmAf/LSUmAr | 1800bp | 
  
   | 第二次PCR | SSUmCf/LSUmBr | 1500bp | 
 
測序結果通過Blast比對。
PCR條件參考文獻: